ฝ่ายจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ หอสมุดและคลังความรู้ มหาวิทยาลัยมหิดล เดิมชื่อ ฝ่ายจดหมายเหตุมหาวิทยาลัย เกิดขึ้นจากแนวคิดที่จะดูแลรักษาเอกสารของกองกลาง และเอกสารส่วนบุคคล ของอดีตอธิการบดี ศ.นพ.ดร. ณัฐ ภมรประวัติ ซึ่งขณะนั้นมีคุณวิภา โกยสุโข เป็นผู้อำนวยการหอสมุด และมีคุณชัยยุทธ บุญญานิตย์ เป็นผู้อำนวยการสำนักงานอธิการบดี ซึ่งดูแลกองกลาง (กองบริหารงานทั่วไป) ได้ปรึกษาถึงความเป็นไปได้ในการจัดตั้งหอจดหมายเหตุ เพื่อดูแลรักษาเอกสาร ที่มีคุณค่าทางประวัติศาสตร์ของมหาวิทยาลัย ดังกล่าว กอรปกับได้ผู้มีความรู้ด้านจดหมายเหตุเข้ามาร่วมงานใหม่ คือ คุณสวนีย์ วิเศษสินธุ์ จึงมีแนวคิดที่จะริเริ่มบุกเบิกงานจดหมายเหตุให้แก่ม.มหิดลขึ้น เมื่อ พ.ศ. 2534